Фамилия Латоненко — яркий пример восточнославянской модели фамилий на -енко, которая в XVII–XVIII веках массово закрепилась на территории современной Украины и юга России. Суффикс -енко, по распространённому мнению ономастов (в частности, Б. Унбегауна), изначально был уменьшительным или указывал на молодого человека, сына, а со временем превратился в типичный фамильный формант. Таким образом, Латоненко — это «сын Латона» или потомок человека по прозвищу Латон.

Самая сложная и интересная часть фамилии — корень «Латон-». В отличие от привычных основ, образованных от крестильных имён (Иван, Пётр) или распространённых профессий, «Латон» встречается редко. Наиболее правдоподобная версия связывает его с греческим именем Латон (Латона) — так в древнегреческой мифологии звали титаниду, мать Аполлона и Артемиды. Вряд ли крестьяне или казаки напрямую брали себе прозвище в честь античной богини, но имя Латон могло попасть в обиход через церковные святцы (в форме Латоний) или через южнославянское посредничество. В таком случае прозвище Латон мог получить человек, носивший редкое церковное имя, или же тот, кого в шутку сравнивали с мифическим персонажем за какой-то характерный признак.

Менее убедительна, но возможна связь с тюркским словом «латын» (устар. «латынь», «латинянин») — так в некоторых регионах могли называть человека, знающего латынь или имевшего отношение к католической церкви. Однако для фамилии на -енко, типичной для украинской среды, такая основа маловероятна: прозвище «Латын» скорее дало бы фамилию Латыненко. Корень «Латон» мог возникнуть из-за местного произношения или адаптации слова.

Географически фамилия Латоненко встречается преимущественно в центральных и восточных областях Украины, а также в прилегающих регионах России (Курская, Белгородская области). Это указывает на то, что её носители происходят из казачьей или крестьянской среды, где фамилии на -енко были особенно распространены. Сословного барьера эта модель не имела: Латоненко мог быть как реестровым казаком, так и крепостным крестьянином.

В итоге фамилия Латоненко говорит о том, что её первый носитель получил прозвище Латон, вероятнее всего, по редкому церковному имени или мифологическому образу, а его потомки закрепили это прозвище в форме отчества, ставшей фамилией.