Фамилия Латонис звучит нехарактерно для исконно русской антропонимии. Её основа и суффикс указывают на иное, скорее всего, прибалтийское или польское происхождение. В русском языке фамилии, оканчивающиеся на -ис, обычно являются литуанизмами — то есть пришли из литовской среды, где окончание -is — стандартный показатель мужского рода в именительном падеже. Таким образом, Латонис — это фамилия, которая практически не изменила свою форму при переходе в русский контекст, что говорит о сравнительно позднем появлении её носителей в русскоязычной среде, возможно, в XIX–XX веках.

Корень фамилии — Латон- — скорее всего, происходит от литовского слова latas (латыш) или от названия исторической области Латгалия (Latgale). В таком случае фамилия Латонис могла означать «латыш» или «выходец из Латгалии». Подобные прозвища по этнической принадлежности были распространены в многонациональных регионах бывшей Речи Посполитой и Российской империи. Человека, переехавшего из латышских земель в литовскую или польскую среду, могли прозвать Латонисом — то есть латышом. Со временем это прозвище закрепилось за потомками как фамилия.

Менее вероятна, но не исключена версия, связывающая фамилию с греческим мифологическим именем Латона (мать Аполлона и Артемиды). Однако для народной модели образования фамилий в Литве и Польше такая книжная основа нетипична: мифологические имена редко становились прозвищами простых крестьян и мещан. Поэтому версия с этнонимом «латыш» выглядит гораздо убедительнее.

Встречается фамилия Латонис преимущественно в Литве, а также среди потомков литовских переселенцев в России, Беларуси и Польше. В русских документах она могла записываться с ударением на первый или второй слог, но исконное литовское ударение, скорее всего, падает на первый слог: Латонис. Носители фамилии, вероятно, происходили из крестьянского или мещанского сословия, так как дворянские роды в этом регионе чаще носили фамилии на -ский или -ич. Словообразовательная модель проста: основа + суффикс -ис, что характерно для литовских фамилий, не прошедших русификацию.