Фамилия Лапонин, скорее всего, происходит от имени Лапоня — уменьшительной формы редких сегодня, но популярных в старину крестильных имён Евлампий и Харлампий. Оба имени греческие: Евлампий значит «благосветный», а Харлампий — «светящийся радостью». В народе эти длинные имена сокращали до Лапи, Лапони, отсюда и пошла основа.

Есть и вторая версия, но она менее правдоподобна. Согласно ей, Лапоня — дохристианское личное имя, ласковое обращение к любимому человеку, родственное словам «лапа», «лапушка», «лапонька». Однако для русского именослова такое прозвище — скорее исключение, чем правило: основная масса древнерусских нецерковных имён носила охранительный или описательный характер, а не уменьшительно-ласкательный.

Словообразовательная модель фамилии прозрачна: суффикс -ин указывает на принадлежность («чей?»). Лапонин — «сын Лапони». Такая модель типична для северных и центральных областей России, где фамилии на -ин так же распространены, как на -ов на юге. Поэтому, если искать географические корни фамилии, стоит обратить внимание на Вологодчину, Костромскую, Архангельскую или Ярославскую губернии.

Однокоренных фамилий, образованных от того же корня, немало: Лапин, Лапонькин, Лапонцев. Но Лапонин стоит особняком — его основа сохранила полную форму уменьшительного имени, а не усечённую до «Лап-». Это может говорить о том, что в роду имя Лапоня передавалось как семейное прозвище, а не просто возникло случайно.