Фамилия Лапонова — женская форма, образованная от мужской фамилии Лапонов. В основе фамилии лежит личное имя Лапон. Чаще всего так в быту называли человека, носившего в крещении имя Евлампий (в переводе с греческого — «светящийся») или Харлампий («радостный свет»). Усечение и добавление суффикса -он — типичный для русской народной традиции способ превратить длинное церковное имя в простое и обиходное. Поскольку такие сокращённые формы бытовали в основном в крестьянской и мещанской среде, можно предположить, что основатель рода Лапоновых был человеком простого звания.

Существует и другая версия, хотя она менее вероятна. Согласно ей, имя Лапон произошло от нарицательного «лапа» и его ласкательных вариантов — «лапонька», «лапушка». На Руси такие прозвища давали ребёнку, которого горячо любили, — что-то вроде современного «лапочка». Если следовать этой гипотезе, фамилия Лапонова восходит к мирскому имени-прозвищу, а не к календарному церковному имени. Однако в пользу первой версии говорит то, что суффикс -он чаще встречается именно в производных от крестильных имён (сравните: Ларион от Иларион, Гаврила от Гавриил, Лапон от Евлампий/Харлампий), а не в прозвищах от нарицательных слов.

Словообразовательно фамилия проста: суффикс -ов (в женской форме -ова) указывает на принадлежность — «дочь (или жена) Лапона». Такой тип фамилий был самым распространённым в России и закрепился в документах к XVII–XVIII векам. Поскольку фамилия не содержит дворянского суффикса -ский и не относится к «географическим» фамилиям, её носители, скорее всего, принадлежали к крестьянам, мещанам или однодворцам южных и центральных губерний.