Фамилия Лапоногова — женская форма фамилии Лапоногов, и её основа — прозвище Лапоногий. Внешне прозвище напоминает сложное прилагательное, где первая часть «лапа» указывает на ступню или ногу, а вторая — «нога» — усиливает этот образ. Вполне возможно, что такое прозвище давали человеку с большими, широкими ступнями — отсюда и «лапа» вместо обычной ноги. Однако народная этимология связывает прозвище не только с размером, но и со скоростью: «лапоногий» мог означать «быстроногий», то есть человек, который быстро бегает. Это даёт основание полагать, что основатель рода Лапоногих, вероятно, отличался скоростными качествами.

Прозвище могло указывать и на характер: человека, который всё делает на бегу, торопливо и неаккуратно, тоже могли прозвать Лапоногим. Такая неусидчивость — не порок, а особенность темперамента, которая легко запоминалась окружающим и закреплялась в бытовом общении. Возможно также, что прозвище имеет отношение к профессии предка: он мог быть гонцом, посыльным или скороходом — в допетровской Руси такие люди ценились за выносливость и быстроту ног.

Словообразовательная модель фамилии — суффикс -ов, который добавлялся к основе на -ий: Лапоногий → Лапоногов. Это типичный патроним (отчество по отцу), образованный от прозвища. В окончании женской формы -а указывает на принадлежность: Лапоногова — «дочь или жена Лапоногова». Фамилия относится к числу относительно редких: в отличие от массовых Ивановых или Кузнецовых, она сохраняет яркую образность прозвища, которое почти не встречается в современных говорах.

В словарях русских фамилий (например, у Б. Унбегауна) сложные прозвища с корнями «лапа» и «нога» не фиксируются как распространённые, но аналоги встречаются: Лаптев (от «лапоть»), Ногин. Лапоногов стоит особняком — это не адаптация иноязычного имени, а чисто русское бытовое прозвище, которое могло возникнуть в любой крестьянской или посадской среде. Со временем прозвище Лапоногий закрепилось за человеком в качестве наиболее употребительного именования, а затем легло в основу фамилии. Таким образом, потомок человека с таким прозвищем со временем получил фамилию Лапоногов, а его наследница — Лапоногова.