Фамилия Лапоногов образована от прозвища Лапоногий. В основе лежит прилагательное «лапоногий» — так в старину могли назвать человека с большими и быстрыми ногами. Прозвище необязательно указывало на физический недостаток: скорее всего, оно подчёркивало скоростные качества. Основатель рода Лапоногих, вероятно, отличался резвостью и мог делать всё на бегу, отсюда и оттенок неусидчивости, неаккуратности.

Есть и другая версия — профессиональная. Лапоногим могли прозвать гонца или посыльного, чья работа требовала постоянного движения. В любом случае прозвище закрепилось за человеком как наиболее употребительное именование, а со временем легло в основу фамилии.

Словообразовательная модель проста: суффикс -ов указывает на принадлежность («чей?»), то есть Лапоногов — буквально «сын Лапоногого». Это типичная русская патронимическая фамилия, образованная от прозвища на -ий. Встречаются и однокоренные варианты — Лапоногин, Лапоногих, но Лапоногов — самый распространённый.

Фамилия редкая, в переписях XIX века почти не попадается. Основной ареал — южные и центральные губернии России, где диалектное слово «лапа» означало не только ступню, но и вообще большую ногу. В словарях фамилия не фиксируется, что говорит о её локальном бытовании. Потомок человека с прозвищем Лапоногий со временем получил фамилию Лапоногов — и сегодня она хранит память о быстроногом предке.