Фамилия Лапонин — это классический пример русской фамилии, образованной от уменьшительной формы крестильного имени. В основе её лежит имя Лапоня, которое в старину служило сокращением для двух греческих по происхождению церковных имён — Евлампий и Харлампий. Первое имя переводится как «благосветный», второе — как «светящийся радостью». Оба имени были нередки в святцах, а в быту превращались в более привычные для русского уха формы, такие как Лапоня.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Лапонин — это «сын Лапони» или «человек из рода Лапони». Такая модель образования фамилий (от прозвищного или производного имени с суффиксом -ин) характерна для северных и центральных областей России, где она конкурировала с более распространённым -ов/-ев.

Существует и альтернативная версия, которую ономасты считают менее вероятной. Согласно ей, имя Лапоня могло быть дохристианским, нецерковным прозвищем — ласковым обращением к милому человеку, родственным словам «лапа», «лапушка», «лапонька». В этом случае фамилия образовалась бы не от греческого имени, а от исконно славянского корня, означающего нежность и привязанность. Однако, учитывая частотность имён Евлампий и Харлампий в прошлом, версия с каноническим именем выглядит убедительнее.

Точное время возникновения фамилии Лапонин установить сложно: процесс закрепления фамилий в разных сословиях растянулся на несколько столетий. Ясно одно: эта фамилия — не случайное сочетание звуков, а прямой след традиции давать детям уменьшительные имена, которые со временем перешли в разряд родовых прозваний.