Фамилия Лапонькина ведёт начало от прозвища или мирского имени Лапонька. В основе лежит слово «лапа» — в старину так могли назвать человека с крупными или необычными кистями рук, либо с широкой, грубоватой походкой. Уменьшительно-ласкательный суффикс -оньк- (в форме Лапонька) смягчает исходное прозвище: оно скорее указывает на маленькие, цепкие или проворные руки, чем на неуклюжесть. Суффикс -ин в окончании фамилии типичен для русских фамилий, образованных от слов женского рода или от прозвищ с конечным -а/-я: Лапонька → Лапонькин → Лапонькина.

Модель образования фамилии — через прозвище, а не через крестильное имя. Это редкий случай, когда основа не восходит к церковному календарю, а прямо описывает внешнюю черту. Аналогичные фамилии — Лапушкин, Лаптев, Лапин — тоже отталкиваются от «лапы», но суффикс -оньк- даёт Лапонькину особый оттенок: он встречается реже, чем -ин или -ов, и часто указывает на южнорусское или западнорусское происхождение носителей (например, в рязанских, тульских говорах уменьшительные формы с -оньк- были распространены).

С географией фамилии сложно: она нечастотна и не привязана к одному региону в справочниках. Скорее всего, предки Лапонькиных были крестьянами или ремесленниками — прозвище давали в быту, а не в официальных документах. Фамилия не дворянская (в родословных книгах не зафиксирована), и её носители, вероятно, принадлежали к податным сословиям. Спорных версий у фамилии нет: корень прозрачен, а альтернативные толкования (например, от слова «лапонь» — род обуви) маловероятны, так как «лапонь» — диалектное и редкое слово, не давшее устойчивых прозвищ.