Фамилия Ладонкина образована от прозвища или нецерковного имени Ладонка. В её основе лежит слово «ладонь» с уменьшительным суффиксом -к-, что позволяет предположить: Ладонкой могли называть человека с маленькой или узкой ладонью, либо того, кто носил на ладони особую примету — родинку, шрам. В говорах слово «ладонка» иногда означало и «горсть», «пригоршня» — так могли прозвать того, кто сыпал зерно или раздавал милостыню горстями, то есть был щедрым, размашистым в жестах.

Суффикс -ин в окончании фамилии указывает на принадлежность: в старину ответ на вопрос «чей ты?» звучал как «Ладонкин сын» или «Ладонкина дочь». Со временем притяжательная форма закрепилась как фамильное имя. Такая модель типична для северных и центральных областей России, где фамилии на -ин столь же распространены, как и на -ов.

Менее вероятная, но допустимая версия связывает Ладонку с диалектным словом «ладонка» — так в некоторых регионах называли ладанку, небольшой мешочек с ладаном, который носили на груди. В этом случае прозвище мог получить человек, торговавший церковными товарами или постоянно носивший при себе ладанку. Однако эта гипотеза спорная: звуковой переход «ладанка» → «ладонка» возможен, но не зафиксирован в словарях как устойчивый.

Фамилия редкая, не входит в списки массовых русских фамилий. Её носители могли происходить из крестьянской или мещанской среды — именно в этих сословиях прозвища, образованные от частей тела или бытовых предметов, давали чаще, чем в дворянской среде. Встречается фамилия преимущественно в центральной России и Поволжье, что подтверждается данными современных телефонных справочников и архивных записей.