Фамилия Лапонов происходит от прозвища или имени Лапон, и у её происхождения есть несколько версий, разной степени убедительности. Самая прямая и вероятная связь — с глаголом «лапошить», то есть «обманывать, плутовать, мошенничать» (это значение зафиксировано у В. И. Даля). В таком случае Лапоном могли прозвать либо хитрого и изворотливого человека, либо, наоборот, простака, которого легко «облапошить». Прозвища, построенные на контрасте качеств, в русской традиции не редкость.

Другая версия, также вполне правдоподобная, выводит фамилию из уменьшительной формы крестильных имён — Евлампий или Харлампий. Оба имени греческого происхождения: Евлампий означает «светящийся», а Харлампий — «радостный свет». В быту такие длинные имена часто сокращали до простых и привычных форм, и Лапон могло стать одной из них. Суффикс -он в данном случае указывает на уменьшительно-ласкательное значение.

Менее убедительна гипотеза, связывающая фамилию с мирским именем Лапон от слова «лапа». Лапонька, лапушка — ласковые обращения к ребёнку или любимому человеку. Однако в качестве основы для фамилии эта версия слабее, поскольку прозвище в таком случае было бы скорее Лапа или Лапушка, а форма Лапон для нецерковного имени нехарактерна. Словообразовательная модель фамилии типична для русского севера и центральных областей: суффикс -ов добавляется к основе, оканчивающейся на твёрдый согласный, и указывает на принадлежность («чей?» — сын Лапона). Таким образом, независимо от того, было ли исходное прозвище связано с хитростью, светом или лаской, фамилия Лапонов означает «потомок Лапона».