Фамилия Лабонин — редкий случай, когда разбор начинается не с корня, а с суффикса, который может ввести в заблуждение. На первый взгляд, типичная модель на -ин: основа на -а, как у фамилий от женских прозвищ (Марьин, Катин) или от названий профессий с суффиксом -оня (Болтунов — от болтун, но там -ов). Однако в основе Лабонин лежит не женское имя, а, скорее всего, прозвище или диалектное слово с суффиксом -оня, который в русских говорах придавал уменьшительно-пренебрежительный оттенок. То есть исходная форма — Лабоня, а фамилия образована по принципу «чей?» — Лабонин.

Корень «лаб» запутан. Самая вероятная версия ведет к слову «лабать» — в южнорусских и украинских говорах так называли игру на музыкальном инструменте, особенно грубую или неумелую. Прозвище Лабоня мог получить либо музыкант-самоучка, либо человек, который постоянно что-то «лабает» — стучит, бренчит, издает резкие звуки. Менее правдоподобна, но встречается у составителей словарей связь с «лабза» (непоседа, суетливый человек) — слово фиксируется в рязанских говорах. В этом случае Лабоня — прозвище егозы.

Встречается и вариант написания с одной «н» — Лабонин, но это скорее орфографическая ошибка, так как суффикс -ин в русском языке всегда пишется с одной «н», а двойная «нн» в фамилии — результат слияния с патронимическим суффиксом: Лабоня + ин = Лабонин.

Географически фамилия привязана к центральным и южным областям России, особенно к Рязанской, Тамбовской и Воронежской губерниям — именно там бытовал глагол «лабать» и его производные. Сословно носители Лабонины — почти исключительно крестьяне и однодворцы. Фамилия не дворянская и не купеческая, что подтверждается ее отсутствием в родословных книгах. Иными словами, предок современного Лабонина — скорее всего, деревенский музыкант-самоучка или просто человек с громким голосом и неуемным характером, за что его и прозвали Лабоней.