Фамилия Лабодин образована по типичной русской модели: к основе «Лабод-» добавили суффикс «-ин», указывающий на принадлежность. Буквально это означает «сын Лабоды» или «человек из рода Лабоды». Само прозвище Лабода, от которого пошла фамилия, имеет как минимум два объяснения.

Первая версия связывает прозвище с диалектным словом «лобода» или с венгерским «laboda» — так называют растение лебеду (к этому же роду ботаники относят портулак морской, марь, гусиную лапку). В крестьянском быту лебеда была известна не только как сорняк, но и как лекарственное и съедобное растение. Поэтому Лабодой могли прозвать знахаря, травника или собирателя диких трав — человека, чьё ремесло было связано с растительным миром.

Вторая версия отсылает к географии. Лабода — это название горного массива на Центральном Кавказе. Если предок носителя фамилии происходил из тех мест, а затем переселился на земли Древней Руси, он мог получить прозвище по прежнему месту жительства. Такие случаи в истории фамилий нередки: человека называли не по его имени, а по тому краю, откуда он пришёл.

Обе гипотезы имеют право на существование, но первая — «растительная» — выглядит более вероятной для русской среды. Прозвища от названий растений (Репин, Лопухов, Крапивин) встречаются часто, тогда как топонимические прозвища с Кавказа — скорее исключение. К тому же венгерское «laboda» могло попасть в южнорусские говоры через соседние славянские языки, что объясняет появление необычного корня.