Фамилия Лабоднева — женская форма фамилии Лабоднев, а та, в свою очередь, образована от прозвища Лабодень. Это прозвище, скорее всего, дали человеку по его занятию или месту жительства. Самая правдоподобная версия связывает основу с диалектным словом «лобода» — то есть «лебеда». Лебеда — родовое название растений, к которому относятся портулак морской, гусиная лапка, марь и другие. В народной среде лебеду хорошо знали: ею могли питаться в голодные годы, но её же использовали и в народной медицине. Поэтому прозвище Лабодень мог получить знахарь или собиратель трав.

Менее убедительна, но всё же имеет право на существование версия, связывающая прозвище Лабодень с названием горного массива Лабода на Центральном Кавказе. Если принять эту гипотезу, то предок носителя фамилии мог жить в той местности, а затем переселиться на земли Древней Руси, где и получил прозвище по прежнему месту обитания. Однако для русских фамилий более типично образование от прозвищ, указывающих на род деятельности или внешность, а не на отдалённый географический объект, поэтому версия с «лебедой» выглядит предпочтительнее.

Сам способ образования фамилии — через суффикс -ев- — указывает на принадлежность: Лабоднев буквально означает «сын Лабодня». Фамилия закрепилась в патронимической форме, что типично для русских фамилий, сложившихся в среде крестьян и посадских людей. Встречается она сравнительно редко, что говорит о локальном происхождении — возможно, от одного прозвища, данного конкретному человеку в определённой местности.