Фамилия Лабодина — типичный пример того, как русская фамилия может быть образована от прозвища, которое давно вышло из обихода. Её основа — слово «ла́бода», которое в русских говорах имело несколько значений, и это делает происхождение неоднозначным, но интересным.

Скорее всего, в основе лежит диалектное «лабода» — то же, что «лебеда». В некоторых регионах так называли сорное растение, а также переносно — непутевого или никчемного человека. Фамилия могла закрепиться за тем, кто жил на поле, заросшем лебедой, или получил такое прозвище за бесхозяйственность. Однако есть и другая версия: в южнорусских и украинских говорах «лабода» означала «болтун, пустомеля» (от глагола «лабодать» — болтать чепуху). Таким образом, прозвище Лабода могло указывать на словоохотливого человека, любителя поговорить.

Модель образования проста: к основе «Лабод-» добавили суффикс «-ин», который в русском языке указывает на принадлежность к роду. Лабодин — буквально «сын Лабоды». Суффикс этот характерен для фамилий, образованных от прозвищ с окончанием на -а/-я, и встречается реже, чем -ов/-ев, что выделяет Лабодиных среди массы фамилий на «-ов». Фамилия фиксируется в основном в центральных и южных областях России, а также на Украине, что подтверждает её диалектное происхождение.

В дореволюционных документах фамилия могла писаться через «о» — Лабодин, но написание через «а» (Лабодина) — это женская форма, закрепившаяся в официальных бумагах. Ударение обычно падает на второй слог: Лабо́дина. Сословная принадлежность не прослеживается — Лабодины встречались и среди крестьян, и среди мещан, что говорит о бытовом, а не аристократическом происхождении.

Сравните с однокоренными фамилиями: Лебединский (от «лебеда» через более книжную форму), Лабудин (от «лабуда» — вздор). Лабодина стоит особняком, сохранив именно диалектный вариант корня. Фамилия редкая, в списках массовых не значится, что делает её носителей обладателями нечастого родового имени с прозрачной, но не единственной этимологией.