Фамилия Лабодин — одна из тех, где исходное прозвище оставило больше загадок, чем ответов. Сама фамилия образована по стандартной русской модели: к основе Лабод- прибавлен суффикс -ин, указывающий на принадлежность («чей потомок?» — Лабодин). Суффикс -ин в русских фамилиях обычно присоединялся к основам на -а/-я, поэтому форма Лабодин, а не Лабодов, — лингвистически закономерна.

Спор начинается с корня. Первая версия связывает прозвище Лабода с растением. Здесь возможны два источника: русское диалектное «лобода» (с аканьем превратившееся в «лабода») или венгерское laboda — «лебеда». В любом случае речь о роде растений, куда входят марь, портулак, гусиная лапка. Прозвище Лабода могли дать знахарю, собирателю трав — человеку, который разбирался в дикорастущей зелени и, возможно, лечил ею.

Вторая версия выводит прозвище из топонима Лабода — названия горного массива на Центральном Кавказе. Если принять эту гипотезу, прозвище указывало на выходца с Кавказа: человек переехал в русские земли, и его стали звать по прежнему месту жительства. Версия не самая сильная — фамилия Лабодин встречается преимущественно в центральных и северных областях России, где кавказские топонимы редко становились основой для прозвищ. Поэтому растительное происхождение выглядит правдоподобнее.

Точное время возникновения фамилии Лабодин установить сложно: как и большинство русских фамилий на -ин, она оформилась не раньше XVI–XVII веков, когда фамилии стали передаваться по наследству. В документах фамилия не слишком частая, что говорит о её локальном бытовании — вероятно, в среде крестьян или однодворцев.