Фамилия Лабудины образована от личного имени или прозвища Лабуда. В основе лежит слово «лабудь» — так в старину на Руси называли лебедя. Мирское имя Лабуда давали ребёнку в дохристианской традиции, когда детей называли в честь птиц, животных или растений: считалось, что природа примет такого человека как своего, а вместе с именем к нему перейдут и качества птицы — красота, верность или стать. Со временем от имени Лабуда по модели на -ин (указывающей на принадлежность: «чей?» — «Лабудин сын») возникла фамилия.

Есть и вторая, менее поэтичная версия. В русских говорах «лабуда» означала «бессмыслица, глупость, чепуха». В этом случае прозвище Лабуда мог получить человек, любивший рассказывать небылицы или говорить вздор. Обе версии имеют право на существование, но первая — с птичьей основой — более архаична и чаще встречается в ономастических работах, поскольку имена-обереги от животных были широко распространены на севере и в центре России.

Фамилия Лабудины — редкая. Встречается в основном в центральных областях России, единичные носители зафиксированы в Вологодской и Костромской губерниях. Суффикс -ин типичен для фамилий, образованных от основ на -а/-я, и указывает на патронимическое происхождение: Лабудин буквально значит «сын Лабуды». О точном месте и времени возникновения фамилии говорить сложно — процесс становления русских фамилий шёл несколько столетий, и документальные подтверждения по этой конкретной фамилии пока не обнаружены.