Фамилия Лабудин образована от личного имени или прозвища Лабуда. В основе этого прозвища, скорее всего, лежит древнее слово «лабудь» — так в старину на Руси называли лебедя. Традиция давать ребенку «птичье» имя уходит корнями в дохристианские времена: родители верили, что, назвав сына Лабудой, они поручают его покровительству природы, и к мальчику перейдет красота, гордость или верность, приписываемые этой птице.

Впрочем, у фамилии есть и вторая, менее поэтичная версия. В народе словом «лабуда» называли бессмыслицу, вздор, чепуху. Прозвище Лабуда мог получить человек, который любил приврать, рассказать небылицу или просто говорил невпопад. Какая из версий вернее — сейчас сказать сложно, обе имеют право на существование.

Фамилия образована с помощью типичного русского суффикса принадлежности -ин, который указывает на родство: Лабудин — это «сын Лабуды». В этом смысле она стоит в одном ряду с такими фамилиями, как Лабутин, Лабунский или Лабушев, но отличается именно основой — редким словом, почти вышедшим из употребления. Встречается фамилия преимущественно в центральных и северных областях России, хотя точной географической привязки к одному региону не имеет.