Фамилия Лихонини — редкий случай, когда суффикс подсказывает не географию, а социальный статус. Окончание -ини, а не стандартное -ин, указывает на то, что перед нами форма родительного падежа множественного числа: «из дома Лихониных». В старой русской традиции так записывали крестьян или мещан в документах, когда хотели подчеркнуть принадлежность к целому роду, а не к одному человеку. Поэтому Лихонини — это не вариант фамилии, а её историческая запись, застывшая в официальных бумагах.

Основа фамилии — прозвище Лихоня. В русских говорах слово «лихой» имело два полюса значения: «удалой, смелый, быстрый» и «злой, опасный, причиняющий лихо». Прозвище Лихоня могли дать либо бойкому парню, который не сидел на месте, либо, наоборот, человеку со скверным характером, от которого ждали беды. Суффикс -оня в прозвищах (сравните: Тихоня, Болтуня) придавал оттенок просторечной ласки или иронии, так что в основе скорее бытовое, незлое прозвище, чем проклятие.

Слово «лихо» в древнерусском языке означало «зло, беда, горе». Отсюда и «лиходей» (злодей), и «лихорадка» (буквально — «злая, горячая болезнь»). Но в народной этимологии «лихой» часто переосмыслялось в сторону молодечества: «лихой наездник», «лихой рубака». Поэтому предок Лихониных мог быть и смельчаком, и задирой — контекст местного говора решал, с каким оттенком закрепится прозвище.

У фамилии нет привязки к одному региону — она встречается точечно в центральных областях России, но не образует гнёзд. Это говорит о том, что прозвище Лихоня не было массовым, а возникало спорадически. В сословном плане носители фамилии, судя по окончанию -ини, чаще всего были государственными или дворовыми крестьянами, реже — мещанами. Дворянских родов с такой фамилией в гербовниках нет.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями — Лихачёв, Лихов, Лихутин — Лихонини стоит особняком. У неё нет суффикса -ов/-ев, который обычно образовывал фамилии от полных форм (Лихач → Лихачёв), и нет суффикса -ин от имён на -а (Лихута → Лихутин). Форма на -ини указывает на более позднюю фиксацию, уже в XIX веке, когда переписчики стали записывать фамилии «как слышали», не подгоняя под стандартные модели. Так что Лихонини — живой след устной традиции, где род называли не по отцу, а по всему семейству.