Фамилия Лихонина — женская форма фамилии Лихонин, которую носили потомки человека по прозвищу Лихоня. Само прозвище восходит к прилагательному «лихой», но с неожиданным разбросом значений. В старом русском языке «лихой» — это и «бойкий, удалой, смелый», и одновременно «злой, лукавый, мстительный». Прозвище могло закрепиться и за отчаянным смельчаком, и за человеком с крутым нравом, которого остерегались. Модель образования простая: суффикс -ин указывает на принадлежность («чей?»), то есть Лихонин — сын или потомок Лихони.

Есть и менее очевидная версия, которую стоит упомянуть, хотя она и уступает первой по распространённости. Прозвище Лихоня могли дать не за характер, а за род занятий. В украинском и белорусском языках бытовало слово «лихарь» — искажённая форма от «лихварь» (через польское lichwarz), то есть ростовщик. Если предок давал деньги в рост, его могли прозвать Лихоней, а затем и фамилия закрепилась в этом звучании. Прямых доказательств этой связи мало, но в ономастике такие переходы от профессии к прозвищу встречаются.

Фамилия Лихонин (и Лихонина) — редкий пример, когда основа не теряет связи с двумя противоположными смыслами: удалью и злобой. В быту носителя прозвища, скорее всего, знали по какому-то одному качеству, но спустя поколения точный оттенок угадать трудно.