Фамилия Лихоткины — одна из тех, где за привычным звучанием скрывается неожиданный смысл. В её основе лежит нецерковное имя Лихотка, которое давали ребёнку не в обиду, а с прямо противоположной целью. Дело в том, что диалектное слово «лихота» означало не только «злобу» или «недоброжелательство», но и «тоску», «горе». Имя с таким значением выполняло роль оберега: родители нарекали мальчика Лихоткой, чтобы отвести от него настоящее зло. Считалось, что злые силы не позарятся на того, кого уже назвали «лихим», и в итоге ребёнок вырастет счастливым, здоровым и весёлым.

Фамилия образовалась по стандартной русской модели: к основе Лихотк- добавился суффикс -ин, указывающий на принадлежность («чей?» — Лихоткин сын). Это типичный патроним, характерный для центральных и северных губерний России. Если бы фамилия формировалась на юге или в Белоруссии, мы бы скорее увидели вариант Лихотков.

О точном месте и времени возникновения фамилии Лихоткины говорить сложно — процесс становления фамилий в разных слоях населения растянулся на несколько столетий. Однако можно предположить, что её носители происходят из среды крестьян или посадских людей, где мирские имена держались особенно долго, вплоть до XVII–XVIII веков. В документах фамилия могла записываться и как Лихоткин, и как Лихоткины (во множественном числе, обозначая весь род или семейство). Встречаются и однокоренные варианты — Лихотников, Лихотин, Лихота, которые, скорее всего, восходят к тому же корню «лихо» и тем же обережным традициям.