Фамилия Лилейкутэ — редкий случай, когда русская по форме фамилия имеет отчетливое балтийское или финно-угорское происхождение, а её написание выдает попытку передать иноязычное звучание кириллицей. Скорее всего, перед нами литуанизированная или латышизированная фамилия, записанная в русских документах.

Разберем основу. Конечное «-утэ» (или «-уте») — типичный литовский уменьшительно-ласкательный суффикс, часто встречающийся в женских фамилиях (например, Birutė). Однако в русской традиции так могли записать и мужскую фамилию, особенно если носитель был из смешанной среды или документы оформляли по польскому/литовскому образцу. Корень «Лилейк-» восходит к литовскому lėlė (кукла) или lelytė (куколка). В переносном смысле так могли назвать нарядно одетого человека, щеголя, либо, напротив, миниатюрного, хрупкого. Вторая версия — от lielas в латышском (большой, великий), но для латышского суффикс «-ūte» менее характерен, чем для литовского.

Таким образом, исходное прозвище Лилейкутэ (Lileikūtė) могло означать «куколка», «маленькая кукла» или «щеголиха». Но поскольку фамилия закрепилась за мужчиной, вероятно, это была прозвищная форма от женского имени (например, Лилейка — уменьшительное от Лилия или литовского Lelija). В XIX веке в западных губерниях Российской империи нередко давали фамилии по матери, особенно если она была из местного балтского населения, а отец — пришлым русским или поляком.

Географически фамилия тяготеет к Литве, Латгалии (восточная Латвия) и бывшим литовско-русским пограничьям (Виленская, Ковенская губернии). Встречаемость её крайне низкая, что говорит о локальном происхождении от одного рода. В советское время при паспортизации написание могли «обрусить», но сохранилось именно в такой форме — с мягким знаком и окончанием «-э» — как калька с литовского произношения.

Социальный контекст: носители фамилии, скорее всего, были крестьянами или мещанами, так как дворянские фамилии в этом регионе чаще оформлялись на польский манер (-ский, -ович). Сочетание балтского корня и русской графики указывает на длительное культурное пограничье, где язык документов был русским, а бытовое общение — литовским или латышским.