Фамилия Лилишенцева — редкий случай, когда основа прозвища не лежит на поверхности. В ней слышится что-то цветочное, «лилейное», но прямой связи с растением здесь нет. Чтобы разобраться, нужно отсечь суффикс и присмотреться к корню.

Фамилия образована по продуктивной модели «основа + суффикс -ев(а)», который присоединялся к основам на мягкий согласный или шипящий. В женском варианте — Лилишенцева, в мужском — Лилишенцев. Суффикс -ев указывает на принадлежность: «чей?» — Лилишенцев, то есть сын или потомок человека по прозвищу Лилишенец.

Самая вероятная версия происхождения прозвища — от уменьшительной формы крестильного имени. В русской традиции имя Лилия (календарное, редкое, но встречавшееся в XIX веке) могло давать производные вроде Лиля, Лилька, Лиличка. А вот форма Лилиш — это уже диалектный или просторечный вариант с суффиксом -иш-, который часто придавал оттенок ласкательности или, наоборот, ироничного увеличения (ср. «ручища», «домище»). Прозвище Лилиш могло закрепиться за человеком с цветущей внешностью или, напротив, с грубоватыми чертами — в народе прозвища нередко строились на контрасте. От Лилиша через суффикс -енец (указывающий на происхождение или принадлежность) образовали Лилишенец — «тот, кто относится к Лилишу», возможно, его работник, сосед или сын.

Вторая, менее правдоподобная версия — связь с географическим названием. В документах XVII–XVIII веков встречаются топонимы вроде Лилишенцы (например, в бывших польских землях), но конкретных следов такой деревни в современных справочниках нет. Если она существовала, фамилия могла указывать на выходца оттуда.

Стоит отбросить версию о прямом образовании от слова «лилия» с суффиксом -енцев: такая модель для русских фамилий нетипична. Скорее всего, перед нами именно прозвищная фамилия, возникшая в крестьянской или мещанской среде центральной России или Поволжья, где фамилии с суффиксами -ец, -енцев фиксируются особенно часто. Носители фамилии Лилишенцевы — люди, чей предок носил яркое, запоминающееся прозвище Лилиш, которое со временем забылось, оставив лишь фамильный след.