Фамилия Лилишенцевы — один из ярких примеров искусственных фамилий, которые в России чаще всего давали в духовных училищах и семинариях. В отличие от большинства русских фамилий, образованных от мирских прозвищ или профессий, такие именования придумывали намеренно, чтобы подчеркнуть добродетель или благочестие будущего священника. Основа здесь — прозвище Лилиша, которое напрямую отсылает к цветку лилии. В христианской культуре лилия символизирует чистоту, невинность и непорочность, поэтому фамилию могли дать семинаристу, которого наставники считали особо достойным, с чистыми помыслами.

Форма Лилишенцев необычна и с точки зрения словообразования. Если бы фамилию строили по обычной модели, от слова «лилия» получилось бы что-то вроде Лилин или Лильев. Но здесь сработала семинарская традиция: наставники часто отталкивались от уменьшительных или облагороженных форм. Прозвище Лилиша — это ласкательный вариант, а к нему добавили суффикс -енцев, который характерен для фамилий, образованных от притяжательных прилагательных (ср. Лилишен → Лилишенцев). В итоге фамилия звучит как «принадлежащий Лилише», то есть потомок того самого семинариста.

Интересно, что в русской ономастике похожий путь прошли фамилии Розов, Фиалков, Гвоздиков. Они тоже возникли в духовной среде, но их строили от нарицательных названий цветов с помощью суффикса -ов, хотя по правилам русского языка этот суффикс присоединяется к словам мужского рода. Фамилия Лилишенцев пошла другим путём — через уменьшительное прозвище, что делает её ещё более редкой и характерной именно для семинарской традиции XVIII–XIX веков.

Географически фамилия Лилишенцевы встречается редко, в основном в южных и центральных регионах России, где были сильны духовные учебные заведения. Сословно её носители почти наверняка происходили из семей священно- и церковнослужителей. Сегодня фамилия сохраняет оттенок книжности и искусственности, но именно это делает её ценным памятником русской культуры и истории церковных именований.