Фамилия Лилль, вероятно, ведет свое начало от аналогичного прозвища, в основе которого лежит эстонское слово lill – «цветок». Можно предположить, что прозвище Лилль получил тот, кто выращивал цветы на продажу. Соответственно, прозвище Лилль может относиться к так называемым «профессиональным» именованиям, указывающим на род занятий предка. По другой версии, фамилия Лилль имеет немецкое происхождение. В этом случае прозвище Лилль может быть связано со старым германским словом Lill – «грязь». Возможно, предок обладателя фамилии Лилль жил в болотистой местности. Согласно еще одной гипотезе, прозвище Лилль образовано от немецкого слова Lilje – «лилия». В этом случае так могли прозвать человека, рядом с домом которого росли лилии.