Фамилия Лилло — редкий случай, когда угадать её корни с ходу не получится: слишком разные пути ведут к одному и тому же написанию. Самая прямая версия — английское слово lily, то есть «лилия». Такую фамилию могли дать человеку с очень светлыми, «лилейными» волосами или просто как ласковое прозвище. Однако в России XVIII–XIX веков английские прозвища были редкостью, поэтому стоит присмотреться к другому источнику.

Вполне возможно, что фамилия Лилло — это географический отпечаток. Речь о французском городе Лилль, который стоит на границе с Бельгией. Выходцы оттуда получали прозвище Лилль, а на русской почве оно могло превратиться в Лилло — через двойное «л» и типично русское окончание -о. Такая модель встречается у фамилий, образованных от названий городов: скажем, Бордо или Туло.

Словообразовательный суффикс -о в русских фамилиях нехарактерен для исконных моделей. Чаще он появляется в украинских, белорусских или польских вариантах, где окончание -о указывает на прозвищное происхождение. Если добавить к этому двойное «л», фамилия начинает походить на итальянизированную форму: в Италии Лилло — уменьшительное от имени Лиллио или Анжелико. Но для русского контекста это экзотика, хотя и не исключённая.

Спор между «лилией» и «Лиллем» решается в пользу города: географические фамилии легче приживались у переселенцев, а цветочное прозвище в России чаще давали женщинам, да и то в дворянской среде. Фамилия Лилло в любом случае остаётся редкой — она не попала в массовые перечни крестьянских или купеческих родов, а значит, её носители, скорее всего, были людьми пришлыми или городскими.