Фамилия Линденков — из числа тех, что образованы не напрямую от названия дерева, а через иноязычное прозвище или имя. Внешне она кажется «растительной»: липа по-немецки — Linde. Однако прямой связи с липой в русской среде нет: от слова «липа» в России образовали бы фамилии Липов, Липкин, Липин. Суффикс -енков указывает на южнорусское или украинское происхождение, где -енко превращалось в -енков при русификации. Значит, в основе лежит не русское, а заимствованное прозвище Линденко или Линденок.

Скорее всего, предок носителя фамилии получил прозвище Линда или Линден от немцев Прибалтики или поволжских колонистов. В XVIII–XIX веках немецкие переселенцы селились в Саратовской, Самарской, Екатеринославской губерниях, и местные жители нередко перенимали их прозвища. Линда — уменьшительное от немецких имён вроде Зиглинда или Дитлинда, либо просто слово «липа» как указание на место жительства (у липовой рощи) или занятие (липовый мёд). В русской среде такое прозвище осмыслили как Линденок, а затем добавили фамильный суффикс -ов: Линденков — «сын Линденка».

Есть и более редкая версия: фамилия могла возникнуть от топонима Линден — так называются несколько населённых пунктов в Германии и бывшей Пруссии. Если предок происходил оттуда, его могли записать в документах как Линденский, но при адаптации суффикс сменился на более привычный -ков. Однако эта гипотеза слабее: прозвищная модель встречается чаще, чем топонимическая с таким суффиксом.

Фамилия редкая, нераспространённая. Встречается в основном в центральных и южных областях России, а также на Украине, что подтверждает её связь с зоной формирования фамилий на -енко. Носители Линденков — потомки тех, кто когда-то жил бок о бок с немецкими колонистами и получил прозвище по соседскому имени или приметному дереву.