Фамилия Липашкина — редкий случай, когда суффикс указывает не на происхождение, а на географию. Модель на -кин, а не на -ин, выдает севернорусские или, точнее, ярославско-костромские корни. В этих краях суффикс -к- в основе фамилии (Липаш-к-а → Липашкин) был обычным делом: от прозвища Липашка, которое, в свою очередь, образовано от имени или прозвища Липаш. Само имя Липаш — это народная, уменьшительная форма от канонического Филипп. В русских говорах имя Филипп нередко сокращали до Липа, а затем добавляли суффикс -аш, чтобы получить ласкательное Липаш. Такой способ словообразования типичен для XVI–XVII веков, когда прозвища на -аш (Михаш, Саваш, Липаш) были живыми и обиходными.

Значит, предок носителя фамилии Липашкин — это человек по имени Липаш, то есть Филипп. Фамилия закрепилась в форме притяжательного прилагательного: «чей сын?» — Липашкин. Поскольку фамилия оканчивается на -а, а не на -о (Липашкина — женская форма), перед нами именно фамилия, а не отчество в родительном падеже. В документах XIX века такую фамилию могли записать с окончанием -ых (Липашкиных), если семья жила в северных уездах, где были распространены фамилии на -их/-ых. Но вариант на -ин победил, вероятно, из-за влияния церковной и светской переписи.

Есть и другая, менее вероятная версия: основа могла быть не от имени, а от прозвища Липаш, связанного с липой. Липаш — так могли назвать человека, жившего у липовой рощи, занимавшегося липовым лыком или просто высокого и «сладкого» нравом. Но в ономастике предпочтение отдают антропонимическому корню: прозвища от деревьев в русских фамилиях встречаются (Липов, Липкин), но суффикс -аш почти всегда указывает на личное имя, а не на предмет.

Фамилия редкая, в дореволюционных списках встречается в основном в Ярославской и Костромской губерниях. В Москве и Петербурге единичные носители появились только в XX веке. Сословно — скорее всего, крестьянская или мещанская: дворянские фамилии на -кин обычно имеют другую основу (Пушкин, Бороздкин). Так что Липашкины — потомки того самого Липаша, который, скорее всего, пахал землю или торговал в уездном городе.