Оно может брать начало от топонима Липон. Так в древности назвалась одна из частей бывшего Нухинского уезда Российской империи. В настоящее время Нухинский уезд является частью Азербайджана. Так могли назвать выходца из Липона. Возможно также, что фамилия Липонава происходит от имени Липон. Оно в свою очередь может быть фонетическим вариантом имени Ливон. Имя Ливон является грузинским вариантом армянского имени Левон, то есть «лев».