Фамилия Липонин — редкая, но прозрачная по устройству. Её основа — прозвище или неканоническое имя Липоня, к которому добавили типичный русский суффикс принадлежности -ин. Суффикс указывает на то, что предка звали Липоня, а его потомки стали Липониными. Модель образования та же, что у фамилий Петин (от Петя), Ванин (от Ваня) или Сашин (от Саша).

Корень, скорее всего, связан с глаголом «липнуть» или прилагательным «липкий». В диалектах «липоня» могли назвать прилипчивого, назойливого человека, того, кто не отстаёт. В. И. Даль в своём словаре фиксирует слово «липа» в переносном значении — «обман, подделка», но для прозвища Липоня эта версия менее вероятна: суффикс -оня в русских именах и прозвищах чаще придаёт ласкательный или уменьшительный оттенок (Семён — Семёня, Иван — Ивоня). Поэтому Липоня могло быть домашним прозвищем ребёнка или взрослого с мягким, «липнущим» к другим характером.

Другая, более конкретная версия — происхождение от названия растения. «Липа» дала множество прозвищ и фамилий: Липатов, Липкин, Липский. Липоня могло быть образовано от «липа» с тем же уменьшительным суффиксом (липа → липоня). В этом случае прозвище мог получить человек, живший возле липовой рощи, или тот, кто занимался сбором липового цвета, изготовлением мочала из липового лыка. В северных и центральных губерниях России липа была важным промысловым деревом.

Географически фамилия Липонин встречается локально, преимущественно на севере европейской части России — в Архангельской, Вологодской областях, а также в Поволжье. Это типично для фамилий, образованных от прозвищ с диалектной основой. Сословной привязки нет: Липонины могли быть и крестьянами, и мещанами, и священниками — фамилия не несёт указания на социальный статус.

В написании стоит обратить внимание на двойное «н»: суффикс -ин даёт одну «н», а вторая принадлежит корню (Липон-я + ин). Это распространённый случай, когда на стыке корня и суффикса буква удваивается.