Фамилия Липонина — женская форма от Липонин, и в её основе лежит редкий суффикс -ин, который указывает на принадлежность. В русской ономастике этот суффикс чаще всего означает «сын такого-то» или «тот, кто относится к такому-то человеку». Если бы фамилия оканчивалась на -ов, она была бы образована от прозвища или имени с суффиксом -о, но -ин крепится к основам на -а или -я, а также к личным именам. Здесь основа — Липоня.

Липоня — это, скорее всего, неканоническое имя или прозвище. Корень «лип-» отсылает к дереву липе, но не обязательно в прямом ботаническом смысле. В русских говорах «липа» означала не только дерево, но и нечто ненадёжное, поддельное («липовый» — фальшивый). Однако прозвище Липоня могло закрепиться за человеком, который жил у липовой рощи, занимался резьбой по липе (липовые доски широко использовались для икон и прялок) или торговал липовым лубом. Второй вариант: Липоня — уменьшительная форма от крестильного имени Филипп (через народное Лип, Липа). В таком случае фамилия означает «сын Липони», то есть «сын маленького Филиппа».

География фамилии узкая. Липонины встречаются преимущественно в центральных областях России — Нижегородской, Костромской, Ивановской областях. Это районы, где липовый промысел (изготовление лыка, мочала, деревянной посуды) был традиционным занятием крестьян. Встречаются и в Поволжье, но реже. Фамилия не дворянская, не купеческая — типичная крестьянская, возникла не раньше XVII века, когда фамилии начали массово закрепляться за податными сословиями.

Интересная деталь: ударение в фамилии может падать как на второй слог (Липо́нина), так и на первый (Ли́понина). Второй вариант, с ударением на корень, встречается в северных говорах и может указывать на исходное прозвище с тем же ударением. Первый вариант — более литературный, характерный для центральных областей. Разница в ударении не меняет значения, но выдаёт региональные особенности произношения.

Однокоренных фамилий мало: Липов, Липкин, Липатов (от Липат — вариант Ипат, Ипатий). Но Липонин стоит особняком из-за суффикса -оня, который в русской антропонимии редок: он встречается в именах типа Тимоха — Тимохоня, но не в прозвищной модели. Это делает фамилию Липонина скорее «именной», чем «прозвищной», то есть образованной от уменьшительного личного имени, а не от характеристики человека.