Фамилия Лишефаева звучит необычно, и её разбор — хороший пример того, как прозвище, а не имя, ложится в основу фамилии. Это женская форма, мужская — Лишефаев. В основе лежит, скорее всего, прозвище Лишефай. Слово «лихой» в древнерусском языке означало не только «удалой» или «смелый», но и «злой», «худой», «бедовый». «Фай» — сокращённая форма от глагола «фаять» (говорить, сказывать, болтать) или от имени Фадей (Фаддей). Таким образом, Лишефай — это человек, который говорит лихо, то есть зло, резко, возможно, клеветник или сплетник. Вторая версия, менее вероятная, связывает «фай» с тюркским корнем, означающим «плохой, дурной», но для русской ономастики типичнее славянская основа.

Суффикс -ев указывает на притяжательное значение: Лишефаев — сын Лишефая. Такая модель образования (прозвище + -ев) была распространена в северных и центральных губерниях России, где фамилии часто закреплялись за крестьянами и посадскими людьми. В дворянской среде подобные «говорящие» прозвища встречались реже.

Интересно, что фамилия сохранила редкий суффиксальный элемент «-ай», который в русских прозвищах часто придавал оттенок действия или свойства: «заикай» (заика), «кричай» (крикун). Лишефай — из того же ряда. Первоначально такое прозвище мог получить человек с острым языком, болтун или, наоборот, тот, кто слыл в деревне наушником. Фамилия не имеет отношения к слову «лишний» — это народная этимология, не подтверждённая историческими данными.

Встречаемость фамилии крайне низкая. В дореволюционных метрических книгах и ревизских сказках носители Лишефаевых фиксируются в основном в Поволжье и на юге России (Тамбовская, Саратовская губернии). Это указывает на то, что фамилия могла возникнуть в среде однодворцев или государственных крестьян, которые переселялись на новые земли в XVIII–XIX веках. Географическая привязка и редкая основа делают эту фамилию ценной для локальной генеалогии.