Фамилия Лишафаева — женская форма мужской фамилии Лишафаев. Чтобы понять её происхождение, нужно разобрать основу. На первый взгляд корень «лиш-» наводит на мысль о слове «лишний», но здесь работает другая логика: это вариант фамилии, образованной от имени или прозвища с основой «Лыс-» или «Лыш-».

В русских говорах и ономастике известен переход «ы» в «и»: так «Лышавый» (лысый, плешивый) мог превратиться в «Лишавый». Прозвище Лишавый давали человеку с заметной лысиной, а от него пошла фамилия Лишав(ев). Суффикс «-аев» — нестандартный: обычно фамилии на «-аев» образуются от основ на «-ай» (Лишай → Лишаев), но здесь, скорее всего, сыграла роль народная этимология или диалектная огласовка. Вторая версия — связь с глаголом «лишать»: Лишай могло быть прозвищем того, кто отнимал, лишал чего-то, хотя это менее вероятно.

Фамилия редкая, её ареал — южнорусские и поволжские области, где диалектные формы «лысый» как «лышавый» были распространены. В дореволюционных переписях носители, вероятно, относились к крестьянству или мещанству: прозвищные фамилии по внешнему признаку типичны для низших сословий, где человека называли по приметной черте. Мужская форма Лишафаев могла звучать как Лишаваев или Лишавцев в других регионах, но закрепилась именно с «ф» — результат оглушения «в» перед глухой согласной в потоке речи.

Сегодня Лишафаева — редкий и неоднозначный патроним, который хранит следы старого диалектного произношения и социального уклада, где внешность становилась главным идентификатором.