Фамилия Лишафаув — редкий случай, когда написание почти полностью выдаёт географическое происхождение носителя. Сочетание конечного -аув вместо привычного -ов или -ев прямо указывает на тюркские языки, скорее всего, на башкирский или татарский. В русской традиции фамилии на -ов образуются от основ на твёрдый согласный (Петров, Иванов). Здесь же мы видим окончание -аув, что является фонетической записью тюркского суффикса принадлежности. Такой вариант возможен при первичной записи фамилии со слуха в дореволюционных документах, когда писарь фиксировал произношение, не адаптируя его под русскую грамматику. Со временем написание закрепилось.

Основа фамилии — «Лишаф» — не имеет очевидной славянской этимологии. Вероятнее всего, это искажённое или записанное на слух арабское или тюркское имя. Можно предположить, что в основе лежит имя Ляйс (араб. «лев») или производная форма от него с добавлением аффикса. В тюркской среде арабские имена часто видоизменялись под влиянием местного произношения: «Ляйс» мог превратиться в «Ляйшаф» или «Лишаф». Другая, менее вероятная версия — связь с диалектным прозвищем, образованным от тюркского корня со значением «писать» или «чертить» (от «лиша» — черта, линия), но такая гипотеза слаба, так как не объясняет конечного -ф.

По суффиксальной модели фамилия Лишафаув — типичный патроним, то есть образована от имени отца. Если отца звали Лишаф (или Лишафа), то его сын получал фамилию Лишафаув — буквально «сын Лишафа». Такая модель абсолютно аналогична русским фамилиям на -ов, но с местным произносительным вариантом. В башкирской и татарской среде фамилии на -ов и -ев массово появились после переписи населения и введения обязательных фамилий в XIX — начале XX века. До этого у многих тюркских народов существовала система отчеств без закреплённой фамилии.

Носители фамилии Лишафаув, скорее всего, происходят из среды башкир или татар, проживавших на территории современного Башкортостана или Оренбургской области. Сословно это могли быть государственные или тептярские крестьяне, реже — представители башкирского дворянства. Точных сведений о дате первого упоминания фамилии нет, но, учитывая её редкую графическую форму, она могла возникнуть в первой половине XIX века при фиксации имён в метрических книгах или ревизских сказках.