Фамилия Лишентий — редкий случай в русском ономастиконе, и её происхождение не лежит на поверхности. Первое, что бросается в глаза, — непривычный суффикс -ий. В русских фамилиях он встречается редко и чаще всего указывает на книжное, семинарское или искусственное происхождение. Такие фамилии давали в духовных училищах и семинариях, переделывая бытовые прозвища или имена на латинский или греческий манер. Лишентий могло возникнуть из латинизированной формы прозвища Лишний или Лишенный — с добавлением окончания -ий, которое придавало фамилии «учёное» звучание.

Основа фамилии восходит к прилагательному лишний или глаголу лишить. В народной среде прозвище Лишний могли дать ребёнку, родившемуся в большой семье, где каждый новый рот считался обузой — «лишним ртом». Либо так называли человека, который остался без чего-то важного: без наследства, без семьи, без имущества. В говорах слово «лишний» могло означать и «посторонний», «чужой», что тоже давало повод для прозвища.

Менее вероятная, но возможная версия — связь с диалектным словом лишень (обида, урон) или лишенец (человек, лишённый прав). Однако в таком случае мы бы ожидали фамилию Лишенцев или Лишнев, а не форму на -тий. Именно редкий суффикс и делает Лишентия уникальным: он выбивается из привычных моделей на -ов, -ин или -ский.

Географически фамилия встречается точечно, в основном на западе России и в Беларуси, что косвенно подтверждает её происхождение из среды православного духовенства или мелкой шляхты, где латинизированные фамилии были в ходу. В метрических книгах XIX века Лишентии попадаются среди псаломщиков и причетников.

Таким образом, перед нами фамилия-загадка: она говорит либо о «лишнем» ребёнке, либо о человеке, которого «лишили» чего-то, но сделана эта подпись по книжной, не крестьянской модели. Носитель фамилии Лишентий — почти наверняка потомок человека, которому дали прозвище, а потом переделали его в «учёную» фамилию для семинарского списка.