Фамилия Лишканец — редкий случай, когда основа не бросается в глаза даже носителю русского языка. В ней нет привычного корня «лиш-» (от «лишний»), хотя на слух эта версия кажется самой очевидной. Скорее всего, перед нами фамилия с географическим корнем, адаптированная через суффикс -ец, который в восточнославянских фамилиях указывает на выходца из определённого места. Первая часть — «Лишк-» — может восходить к названию населённого пункта вроде Лишки (такие топонимы встречаются в Украине и Беларуси) или к гидрониму (речка Лишка). Тогда Лишканец — это «человек из Лишек» или «с реки Лишки».

Суффикс -ан- в середине слова — дополнительный маркер. В русской ономастике такие вставки (-ан-, -ян-) нередко появлялись при адаптации иноязычных названий, особенно западнославянских или балтских. Это наводит на мысль, что исходный топоним мог звучать как «Лишкан» или «Лышкан», а фамилия закрепилась в форме, характерной для украинского или белорусского пограничья. Если копнуть глубже, корень «лиш-» в балтских языках может означать «лес» или «липа», что делает версию с природным объектом ещё более правдоподобной.

Другая, менее вероятная гипотеза — прозвищное происхождение от глагола «лишкать» (в диалектах — «кричать, шуметь») или от слова «лишак» (так в некоторых говорах называли лешего или нечистую силу). Но суффикс -ец в фамилиях редко крепится к прозвищам с таким значением: обычно он указывает на принадлежность к месту или общине. Поэтому топонимическая версия выглядит убедительнее.

Фамилия очень редкая. В открытых данных она встречается эпизодически, в основном на юго-западе России и в сопредельных регионах Украины. Это косвенно подтверждает её западнорусские или украинские корни. Носители фамилии Лишканец, скорее всего, потомки крестьян или мещан, которые переселились из одного села в другое и получили прозвание по покинутой родине — обычная практика в XVI–XVIII веках.