Фамилия Лишофай — редкая и необычная для русского уха. Её происхождение, скорее всего, не славянское, а западноевропейское, и разбирать её стоит не через типичные русские суффиксы (-ов, -ин), а через корень, который указывает на немецкое или французское влияние.

Наиболее вероятная версия: Лишофай — это русифицированная форма немецкой фамилии Lischofsky или Lischof. В таком случае основа восходит к немецкому слову «Lischke» (уменьшительное от имени Элиас) или к топониму вроде Лишов (Lischow) в Чехии или Силезии. Окончание «-ай» в русской записи могло возникнуть из-за того, что оригинальное окончание «-ow» или «-au» (как в немецких названиях) на слух воспринималось как «-ай». Носители такой фамилии часто были выходцами из немецких колонистов, приглашённых в Россию в XVIII–XIX веках, или из обрусевших поляков, где фамилии на «-ай» не редкость.

Вторая версия, менее распространённая, но возможная — французский след. Фамилия могла произойти от французского «Lichofay» или «Lichoffait», где «li» — артикль, а «chofay» — искажённое «chauffait» (грел, топил). В таком случае предок мог быть истопником или работником, связанным с печным делом. Однако фонетически эта версия слабее, потому что в русской записи французское «ch» обычно передаётся как «ш», а не «шо».

Если отбросить экзотику, то самое правдоподобное — фамилия искусственная или прозвищная, возникшая в среде немецких колонистов Поволжья или Причерноморья. Там нередко встречались фамилии, записанные на слух русскими чиновниками, которые не всегда точно передавали немецкое произношение. В этом случае Лишофай — это «Lischof» (возможно, от «Lisch» — тростник или камыш, то есть прозвище человека, жившего у камышей) плюс суффикс, который при русификации дал «-ай».

География фамилии сегодня — в основном юг России и Украина, что подтверждает версию о переселенцах. В дореволюционных метрических книгах Лишофай встречаются в Таврической и Херсонской губерниях. Сословно — чаще мещане или крестьяне-колонисты, реже дворяне. Фамилия не получила широкого распространения, что делает её ценной для генеалогов: каждый носитель, скорее всего, связан с небольшой группой основателей рода.