Фамилия Лисинетская — редкий случай, когда географическая основа очевидна, а вот точное происхождение топонима остаётся загадкой. Это классическая «-ская» фамилия, образованная по модели, типичной для дворянства и духовенства: от названия населённого пункта. Чаще всего такие фамилии давали помещикам по их имению или семинаристам при поступлении в училище — по месту рождения или приходу.

Корень «Лисинет-» почти наверняка восходит к названию села, деревни или урочища. На картах бывшей Российской империи встречаются топонимы с похожей основой: Лисино, Лисичино, Лисичанск, а также польские и белорусские Лисинец, Лисинек. Форма «Лисинетская» указывает на притяжательный суффикс «-ет-», который мог означать «относящийся к лисам» или «принадлежащий человеку по прозвищу Лис». Возможно, в основе лежит прозвище Лисеня (детёныш лисы) или Лисун — так в некоторых говорах называли хитрого, льстивого человека.

Суффикс «-ск-» окончательно закрепляет за фамилией статус «географической». Если это дворянский род, то предки Лисинетских владели землёй с таким названием. Если семинарская версия — то будущий священник получил фамилию при поступлении в семинарию, взяв её от родного села, которое, в свою очередь, славилось обилием лисиц или носило имя своего основателя. В пользу духовного происхождения говорит и сама звучная, книжная форма: семинаристы часто «латинизировали» или «полонизировали» простые корни, делая их более благородными на слух.

Встречаемость фамилии крайне низкая. Основные следы ведут в западные губернии — Могилёвскую, Витебскую, а также на Волынь, где польское влияние смешивалось с восточнославянскими говорами. В современной России Лисинетские — редкость, что делает фамилию ярким маркером определённой локальной истории, скорее всего, связанной с мелкопоместным дворянством или белым духовенством XIX века.