Фамилия Логины — одна из тех, что образована напрямую от личного имени, без дополнительного суффикса, что встречается реже, чем патронимы на -ов или -ин. В основе лежит имя Логин — просторечная, обиходная форма церковного имени Лонгин. Если смотреть на словообразовательную модель, то фамилия «застыла» в форме родительного или именительного падежа множественного числа: «Логины» буквально означают «чьи? — Логина», то есть семья, род потомков человека по имени Логин. Такая модель типична для северных и сибирских говоров, а также для фамилий, которые фиксировались в переписях как указание на целую семью или двор.

Само имя Лонгин имеет латинские корни (longus — «длинный») и в православном именнике связано с несколькими святыми, в том числе с сотником Лонгином, стоявшим у Креста Господня. Однако в народном произношении имя быстро утратило начальное «н» и звук «г» смягчился: Лонгин превратился в Логин. Именно этот упрощённый вариант и лёг в основу фамилии. Другие однокоренные фамилии — Логинов, Логинский, Логгинов — показывают, как в разное время и в разных регионах по-разному оформляли ту же самую основу.

О точном месте возникновения фамилии Логины данных нет, но по типу окончания и по тому, что фамилия сохранила форму множественного числа, можно предположить её северное или уральское происхождение. В центральных губерниях чаще писали «Логинов», а форма «Логины» закрепилась там, где в документах фиксировали целые семьи или деревни по имени родоначальника. Это не делает фамилию более древней или редкой — просто указывает на другой способ записи в местных переписных книгах.