Фамилия Логина образована от имени Логин — производной формы канонических мужских имён Логгин или Лонгин. В православном именнике это имя встречается нередко: его носили несколько святых, в том числе преподобный Лонгин Коряжемский (день памяти 23 февраля), мученик Лонгин (7 мая и 7 июля), преподобный Лонгин Яренгский (16 июля), мученик Лонгин, сотник, при Кресте Господнем (29 октября) и мученик Лонгин Мелитинский (20 ноября). Само имя Лонгин восходит к латинскому longus — «длинный», «долгий», и в раннехристианскую эпоху могло указывать на высокий рост или долголетие носителя.

Фамилия Логина стоит в ряду так называемых «матронимических» фамилий — то есть образованных не от отца, а от матери. Суффикс -ин в русской традиции указывает на принадлежность: «чей?» — Логинин, со временем стянувшееся до Логина. Такая модель была распространена в северных и центральных губерниях России, особенно в крестьянской среде, где женщина нередко вела хозяйство одна или её имя закреплялось за детьми по причине ранней смерти мужа. Поэтому фамилия Логина буквально означает «дочь или жена Логина», но со временем закрепилась как наследственная, переходя к потомкам по мужской линии.

Интересно, что в отличие от более частой фамилии Логинов (с суффиксом -ов, указывающим на отчество), вариант Логина встречается реже и несёт отпечаток именно матронимической традиции. В некоторых регионах, например в бывших новгородских землях, такие фамилии на -ин от женских имён и прозвищ были особенно характерны. Таким образом, предок носителя фамилии Логина — скорее всего, женщина по имени Логина (разговорная форма от Логин) или же мужчина, чья мать звалась Логиной. В любом случае, фамилия прочно связана с древним именем, имеющим долгую церковную историю и распространённым в русском быту вплоть до XIX века.