Фамилия Логиничева — женская форма, а её мужской вариант — Логиничев. В основе, как ни странно, лежит не «логика» и не «логин», а крестильное имя Логин. Это русская народная форма канонического имени Лонгин (от латинского longus — «длинный»). Так в святцах звали сотника, который, по преданию, стоял у креста Христова и пронзил его ребро копьём. В народной речи «Лонгин» быстро превратился в «Логин» — так удобнее выговаривалось.

Главная особенность фамилии — её суффикс. Если бы фамилию образовали по стандартной модели от имени Логин, мы бы получили Логинов (чей? — сын Логина). Но здесь стоит суффикс -ичев, который указывает на отчество по отцу: Логинич — «сын Логина». То есть Логиничев — это не «внук Логина», а прямой потомок: сын человека по имени Логин. Со временем отчество закрепилось как наследственная фамилия. Такая модель встречается реже, чем -ов/-ев, и характерна в основном для северных и центральных областей России, а также для некоторых казачьих регионов.

Вторая возможная, но менее вероятная версия — прозвищное происхождение. В южнорусских говорах «логин» или «лагин» могло означать ленивого, медлительного человека (от диалектного «логиться» — мешкать, копаться). Однако в этом случае фамилия скорее имела бы форму Логинов или Логинин. Имя Логин в качестве основы — более надёжный и распространённый вариант, подтверждённый ономастикой.

По сословной принадлежности предки Логиничевых, скорее всего, были крестьянами или посадскими людьми. Фамилии на -ичев редко встречались у дворян (те предпочитали -ский или -ов). В писцовых книгах XVI–XVII веков можно встретить крестьян Логиничевых в Вологодской и Костромской губерниях — там имя Логин было особенно популярно. Сегодня фамилия остаётся редкой, но устойчивой: её носители живут в основном в центральной части России и на Урале.