Фамилия Логофет — редкий случай, когда прозвище превратилось в фамилию почти без изменений, сохранив иноязычную основу и не обрастая типичными русскими суффиксами. В основе лежит греческое слово «логофет» (λογοθέτης), которое в Византии обозначало высокого государственного чиновника, буквально — «ведающий словом», то есть хранитель документов, казначей или министр. В Древней Руси, особенно в среде духовенства и приказных людей, греческие термины были хорошо известны, и прозвище Логофет могли дать грамотному, книжному человеку, писарю или управляющему, который вёл учёт и переписку.

Словообразовательная модель здесь нестандартная: фамилия образована напрямую от прозвища без добавления патронимических суффиксов -ов/-ев или -ин. Это характерно для так называемых «говорящих» фамилий, которые закрепились за выходцами из духовного сословия или за украинскими и белорусскими родами. В России фамилия Логофет встречается крайне редко, чаще — на территориях, исторически связанных с греческим влиянием: в южных губерниях, в среде казачества или в семьях священников, где знание греческого языка было частью образования.

Стоит упомянуть, что в некоторых источниках фамилию связывают с румынским словом «logofăt» (канцлер, министр), что неудивительно: в Молдавском княжестве и Валахии должность логофета была одной из высших в государстве. Поэтому часть носителей фамилии Логофет может иметь молдавские или румынские корни. Споров вокруг этимологии почти нет — основная версия общепринята и опирается на византийскую административную лексику. Иных, альтернативных гипотез (например, от тюркского корня) не существует, и это делает фамилию довольно прозрачной для историка: предок, скорее всего, был человеком при должности, связанной с письмом и учётом, либо получил прозвище за схожесть с таким чиновником.