Фамилия Лончакова — женская форма, а её основа — мужское прозвище Лончак. В основе лежит украинское слово «лончак», которое обозначало годовалое животное: медвежонка, оленёнка или детёныша другого крупного зверя. Такое прозвище могли дать человеку, который с ранних лет выделялся не по годам большой физической силой — как молодой, но уже мощный зверь.

Модель образования здесь простая и типичная для восточнославянских фамилий: прозвище на -ак/-як (Лончак) плюс притяжательный суффикс -ов, указывающий на принадлежность («чей?» — Лончаков). Это одна из самых распространённых словообразовательных схем, характерная в первую очередь для великорусской ономастики. Женский вариант Лончакова — естественное грамматическое окончание, обозначающее жену или дочь Лончакова.

Хотя корень слова украинский, сама фамилия по суффиксу тяготеет к северным и центральным русским регионам, где модель на -ов доминировала. В украинской среде прозвище Лончак, скорее всего, закрепилось бы в форме Лончак или Лончаченко. Так что носители фамилии Лончакова — это потомки выходца из украинских земель, который оказался в русской языковой среде, где его прозвище оформили по местным фамильным правилам.

Сравните с однокоренными фамилиями: Лончак (без суффикса, чаще у украинцев и белорусов), Лончаковский (с польским или шляхетским оттенком) и редкая Лончаков. Все они восходят к одному зооморфному прозвищу, но разошлись по разным территориям и сословиям.