Фамилия Лонщекова — женская форма мужской фамилии Лонщеков. Её основа, скорее всего, восходит к прозвищу или мирскому имени Лонщек. Наиболее правдоподобная версия связывает это имя с диалектным словом «лонщак» — так в некоторых русских говорах называли прошлогоднюю, перезимовавшую траву. Прозвище Лонщек могли дать человеку с жёлтым, блёклым цветом волос (сравни с «солома», «полова») или же нерадивому хозяину, у которого на поле оставалась нескошенная старая трава.

Суффикс -ек в основе типичен для русских прозвищных имён, обозначающих носителя признака: Лонщек — тот, кто связан с «лонщаком». Модель образования фамилии простая: от прозвища Лонщек через притяжательное прилагательное Лонщеков (чей? — Лонщеков сын, работник). Суффикс -ов указывает на русское, а не украинское или белорусское происхождение.

Менее убедительна связь с польским «łonszczek» (уменьшительное от «łono» — лоно) или с тюркскими корнями, так как географически фамилия встречается в основном в центральных и северных областях России, где диалектное слово «лонщак» было в ходу. Встречаются варианты написания Лонщикова — через «и» после шипящего, что отражает местное произношение.

Фамилия редкая, что говорит о её локальном происхождении: она могла закрепиться в одной или нескольких соседних деревнях как прозвище одного рода. Носительницы фамилии Лонщекова — потомки человека, которого окрестные жители знали как Лонщека, возможно, за его светлые волосы или крестьянскую нерасторопность.