Фамилия Лонщакова — женская форма мужской фамилии Лонщаков. Её основа — прозвище или неканоническое имя Лонщак, которое, в свою очередь, образовано от слова «лонщ» или «лонща». Это редкий случай, когда фамилия сохранила диалектную или профессиональную лексику, почти исчезнувшую из современного языка.

Самая вероятная версия связывает фамилию с глаголом «лонщить» — в некоторых русских говорах так называли процесс строгания, выравнивания или натирания до блеска. Соответственно, Лонщаком могли прозвать плотника, столяра или ремесленника, занимавшегося отделкой деревянных изделий. Суффикс -ак в прозвище указывает на деятеля (ср. рыбак, ходок, простак), то есть Лонщак — «тот, кто лонщит». Фамилии с такой основой встречаются крайне редко, что говорит о локальном бытовании слова.

Менее убедительна гипотеза о связи с польским или украинским словом «лонща» (устар. «западня», «ловушка»). В этом случае прозвище могло относиться к охотнику или человеку с хитрым, изворотливым характером. Однако географическое распространение фамилии (в основном центральные и северные области России) делает версию с плотницким ремеслом более правдоподобной.

Фамилия образована по стандартной модели на -ов: от прозвища Лонщак через притяжательное прилагательное «Лонщаков сын». Встречается вариант написания Лонщиков, где основа — «лонщик» (тот же корень, другая суффиксальная форма). Лонщаковы — потомки человека, чьё ремесло или прозвище было связано с обработкой дерева, и фамилия эта, скорее всего, не вышла за пределы одной-двух губерний до XIX века.