Фамилия Лошкутов — редкий пример, где фамильное прозвище образовано от названия лошади, но не напрямую, а через уменьшительно-ласкательную форму. В основе лежит слово «лошкут» — диалектный вариант слова «лошак» (помесь осла и лошади) или, что вероятнее, «лошкуток» (жеребёнок, маленькая лошадка). Суффикс -ут- в данном случае выполняет ту же роль, что и -ок-: указывает на детёныша или нечто малое. Сравните с украинским «лоша» (жеребёнок) или диалектным «лошак» в значении «молодой конь». Таким образом, Лошкут — это не взрослая лошадь, а именно жеребёнок, лошонок.

Модель образования фамилии классическая: прозвище Лошкут → притяжательное прилагательное с суффиксом -ов (чей? — Лошкутов сын). Окончание -ов указывает на принадлежность к роду, то есть фамилия закрепилась в форме «сын Лошкута». Встречаются варианты написания с одной буквой «ш» — Локутов, но это, скорее всего, описка или упрощение при переписи.

Географически фамилия тяготеет к южнорусским и украинским регионам, где слово «лошак» и его производные были в ходу. В частности, в Курской, Воронежской губерниях и на Дону. Прозвище мог получить человек, который держал лошадей, торговал ими или же внешне напоминал жеребёнка — например, был суетливым, невысоким, с кудрявой шевелюрой. Но основное значение, скорее всего, профессиональное: предок был конюхом, пастухом или мелким торговцем лошадьми.

В словаре Б. Унбегауна «Русские фамилии» нет прямого упоминания Лошкутова, но модель с уменьшительным суффиксальным прозвищем от названий животных хорошо описана. Фамилия не дворянская, не княжеская — типичная крестьянская или казачья, что подтверждается её отсутствием в родословных книгах. Встречается она редко, что делает её особенно ценной для генеалогии: каждый Лошкутов, скорее всего, связан с одной-двумя ветвями, идущими из небольшого ареала.