Фамилия Лоушкина образована от мужского имени или прозвища Лоушка. В её основе лежит суффикс -ин, который в русской ономастике указывает на принадлежность: «чей?» — «Лоушкин сын», «Лоушкина дочь». Такой способ типичен для фамилий, возникших в северных и центральных регионах России, где в ходу были уменьшительно-ласкательные формы имён.

Корень «лоуш-» вызывает несколько версий, и самая правдоподобная связана с диалектным словом «лоушка» — так в некоторых областях называли человека с большой головой или лобастого. В говорах Архангельской и Вологодской губерний «лоушка» могло означать «голова» или «башка», а прозвище давали либо по внешности, либо в ироничном смысле — упрямому или медлительному человеку. Менее вероятно, хотя и не исключено, происхождение от канонического имени Лев (в народной форме Лёва, Лёвушка, где «лёв» могло перейти в «лоу»), но такое фонетическое изменение нетипично для русского языка.

Суффикс -ин, а не -ов, часто выдаёт более раннюю фиксацию фамилии или её возникновение в среде, где прозвище было личным, а не родовым. В переписных книгах XVII века встречаются Лоушкины среди крестьян и посадских людей в Поморье, что подтверждает северное происхождение. В дворянских родословных Лоушкины не значатся — фамилия оставалась крестьянской и мещанской, что типично для прозвищ, не связанных с ремеслом или службой.

Интересно, что в некоторых источниках фамилию путают с Лушниковыми или Лошаковыми, но это разные корни: «лушник» — от «лушня» (лубок, кора), а «лошак» — гибрид лошади и осла. Лоушкины же — потомки человека, которого когда-то назвали по характерной примете: «Эй, Лоушка, иди сюда». Со временем прозвище забылось, а фамилия осталась.