Фамилия Ложенко образована от прозвища Ложий. Разбирать её стоит не с корня, а с модели: суффикс -енко типичен для украинской и южнорусской ономастики и указывает на потомка человека с прозвищем Ложий. Само же прозвище многозначно, и угадать, какое значение легло в основу, можно только по косвенным данным.

Первая версия связывает прозвище с диалектным «лог» или «ложе» — долина, широкий овраг, ущелье, низменность. Тогда Ложий — человек, живший у ложбины, в низине. Такие прозвища по месту жительства давали часто и без привязки к конкретной должности.

Вторая версия — профессиональная. Ложем называли деревянную часть ручного огнестрельного оружия (приклад и цевьё). Мастера, делавшего ложи, или воина, носившего оружие, могли прозвать Ложий. Эта гипотеза правдоподобнее, потому что прозвища по ремеслу устойчивее бытовых: они переходили в фамилию даже при смене места жительства.

Третья версия, от глагола «ложить» (укладывать), слабее. В говорах «ложить» означало класть кирпич или бревна, но прозвище Ложий для каменщика или плотника нехарактерно — обычно таких называли по инструменту или результату работы (Кирпичников, Плотник).

Из известных носителей: в документах начала XX века упоминается Ложенко Егор Макарович (1912 года рождения, Алма-Атинская область, село А), а также Ложенко Федос Васильевич (1902 года рождения, там же). Оба записаны в Сведениях ДКНБ РК по Алматинской области. Эти записи подтверждают, что фамилия бытовала на юге Казахстана, куда переселенцы с Украины и юга России привезли её в ходе столыпинской аграрной реформы или позже.

Таким образом, Ложенко — фамилия украинского типа, вероятнее всего, профессионального происхождения: предок мог быть оружейником, делавшим ложи, или стрелком.