Фамилия Лудуп — редкая, и её происхождение ведёт не в славянскую, а в бурятскую и монгольскую языковую среду. Основа фамилии — личное имя Лудуп, которое представляет собой один из вариантов транскрипции тибетского имени Лубсан (или Лубсанг). В буддийской традиции, распространённой среди бурят и калмыков, это имя означает «мудрый», «благоразумный», а в более точном переводе с тибетского — «обладающий добрым помыслом». Имя давали в честь ламы или же как пожелание ребёнку ума и рассудительности.

Словообразовательная модель здесь простая: русский суффикс -ов или -ин к иноязычной основе не добавлялся, потому что Лудуп сам по себе стал фамилией. В русских документах такие фамилии часто фиксировались в неизменной форме, как и многие другие бурятские и монгольские фамилии (например, Доржиев, Базаров — там суффикс уже есть, а у Лудуп — нет). Это указывает на то, что фамилия могла быть записана в метриках или переписях именно как имя отца без дополнительного оформления.

Географически фамилия Лудуп почти наверняка привязана к регионам традиционного проживания бурят — Республике Бурятия, Иркутской области (Усть-Ордынский Бурятский округ), Забайкальскому краю (Агинский Бурятский округ). Также возможна встречаемость среди калмыков, но реже, так как у калмыков чаще использовались формы на -ов. Встречаются варианты написания: Лудупов, Лубсанов, Лупсан — но Лудуп без суффикса сохранил архаичную, «чистую» форму.

Предки носителя фамилии Лудуп, скорее всего, были скотоводами или охотниками, жившими в степной или таёжной местности, и принадлежали к одному из бурятских родов (например, хоринскому, булагатскому или эхиритскому). Сословно — это могли быть «инородцы» (по тогдашней терминологии), то есть коренное население Сибири, не входившее в дворянство или купечество, но имевшее свою родоплеменную организацию. В советское время фамилия закрепилась благодаря паспортизации, и сейчас её можно встретить у людей, чьи предки сохранили имя как родовое прозвище.