Фамилия Лудупов — редкий случай, когда бурятское происхождение почти не вызывает споров. Основа фамилии — личное имя Лудуп, которое восходит к тибетскому слову «лудуб» (или «лудруп»), означающему «обретший сиддхи», то есть достигший сверхъестественных способностей в буддийской практике. В тибетском буддизме это термин, связанный с йогинами и святыми, способными творить чудеса. У бурят, исповедующих буддизм, такие имена давали с пожеланием духовной силы или в честь ламы.

Фамилия образована по русской модели с суффиксом -ов, который присоединялся к нерусским основам при оформлении фамилий в XIX веке. Это типичный пример того, как бурятские родовые имена адаптировались под имперское делопроизводство: сын Лудупа становился Лудуповым. Географически фамилия привязана к Бурятии, особенно к районам традиционного распространения буддизма — Забайкалью, Иркутской области, а также к местам расселения бурят в Монголии.

Встречается и вариант Лудупов с ударением на первый слог, что свойственно некоторым бурятским говорам. Спорные версии, связывающие фамилию с тюркскими корнями или с русским словом «лудить» (покрывать оловом), маловероятны: они не объясняют ни концентрации фамилии в Восточной Сибири, ни её фонетического строя, типичного для бурятских имен на -уп. Сословно носители фамилии в основном относились к бурятским казакам или крестьянам, реже — к ламам, но точных данных по конкретным семьям без генеалогического исследования нет.