Фамилия Лухнева — женская форма фамилии Лухнев. Её основа, скорее всего, восходит к прозвищу или нецерковному имени Лухно. Это слово в русских говорах имело два значения, и оба могли дать фамилию. Первое: «лухно» — так в некоторых регионах называли лукошко, корзину из лыка или бересты. Второе, менее очевидное: «лух» — глухой звук, отголосок; отсюда «лухнуть» — издавать глухой шум. В этом случае прозвище Лухно мог получить человек с глуховатым голосом или неразговорчивый.

Суффикс -ев в фамилии Лухнев указывает на типичную модель образования русских фамилий от основ на -о (Лухно → Лухнев). Такая модель была особенно распространена в северных и центральных губерниях России, где суффикс -ов реже присоединялся к основам, оканчивающимся на -о. Поэтому географически фамилия Лухнев (и Лухнева) тяготеет к северу и северо-востоку: Вологодская, Архангельская, Кировская области. В этих краях слово «лухно» в значении «корзина» было в ходу, и предок носителя фамилии мог быть корзинщиком или торговцем, носившим товар в лухне.

Менее вероятна, но допустима связь с гидронимом — рекой Лух (приток Клязьмы во Владимирской и Ивановской областях). Тогда Лухнев — тот, кто с реки Лух. Но эта версия слабее, потому что фамилии от названий рек обычно образуются через суффикс -ский (Лухский), а не -ев. Кроме того, фамилия Лухнев встречается и в регионах, далёких от реки Лух, что говорит в пользу прозвищного происхождения.

Сравните с однокоренными фамилиями: Лухин, Лухов, Лухнов. Все они образованы от тех же корней, но разными суффиксами. Лухнева выделяется своей моделью, характерной для северорусского акающего говора, где безударное «о» в основе не перешло в «а» на письме, а закрепилось в виде -ев.